На первом этаже расположен раздел археологии. Каргопольская археологическая культура представлена материалами раскопок, проводимых в местах стоянок древних людей. Здесь отражены периоды мезолита и неолита. Украшением зала является панорамный макет стоянки древнего человека.
Продолжение экспозиции на втором этаже знакомит со временем славянской колонизации края, населенного финно-угорскими племенами. В средине зала – макет крепости, служившей военно-административным центром уезда.
Следующий зал посвящен городу, его архитектуре, людям. Планы Каргополя XVIII и XIX вв., видовая фотосъемка, реконструкция старинной застройки рисуют прежний образ города. Здесь же рассказывается о каргопольском купце Александре Баранове, первом главном правителе русских поселений на Аляске.

Последний зал рассказывает об истории каргопольских церквей и монастырей. Среди редких и уникальных предметов – рукописное Евангелие, резные напрестольные кресты, храмовая скульптура, старообрядческие рукописи и другое.
Благодаря национальному проекту «Культура» посетители могут воспользоваться мультимедийным гидом Artefact.