Искусство от императорской России до наших дней представлено в Губернаторском доме, построенном по указу Александра I в 1820-х годах и служившего резиденцией ярославских губернаторов, а также путевым дворцом императорских особ.
Одна из драгоценных коллекций музея – ярославский портрет. Это произведения, созданные в последней четверти XVIII – первой половине XIX века художниками, жившими в Ярославле и его окрестностях. Они по заказу писали картины купцам и дворянским семьям, опираясь на привозные образцы профессионального искусства и опыт житийных икон.

О жизни России рассказывают сюжеты художников-передвижников – Ивана Крамского, Петра Верещагина, Василия Перова, Ильи Репина, братьев Маковских, Валентина Серова, Василия Верещагина.
Уникальное собрание – работы первого русского импрессиониста Константина Коровина. В музее – одиннадцать полотен, созданных художником после отъезда в 1923 году из России. Это единственное в России собрание поздних работ Коровина.
Историю дома и губернии подчеркивает экспо-комплекс «Губернаторский кабинет-библиотека», в интерьере которого – мебель второй половины XIX века из особняка известных ярославских крахмалопаточных магнатов Понизовкиных.
Среди главных ценностей Ярославского художественного музея – коллекция русского искусства XX века: от эталонных шедевров мастеров авангарда, произведений официального и альтернативного искусства советского периода до живописной анимации.