Новая постоянная экспозиция размещена в мемориальной зоне музея, где воссозданы девять бывших тюремных камер. Одна из них музеефицирована в первоначальном виде, в остальных размещены тематические модули, посвященные истории массовых репрессий в СССР.
В экспозиции использованы современные средства музейной репрезентации: проекционные комплексы, аудиогиды и интерактивные объекты. С особым вниманием авторы представили наследие репрессий на территории современной Томской области (Чаинское восстание, Назинская и Белостокская трагедии, Колпашевский Яр и др. ). Среди экспонатов – копии и подлинные документы следственных дел, фотоальбомы, вышивки, картины, рисунки, игральные карты, поделки из дерева и камня, изготовленные в лагерях и ссылках.