В настоящее время для посетителей открыты 11 залов основной экспозиции, включающих два раздела: «Природа Крыма» и «История Крыма».
В разделе «Природа Крыма» посетители узнают все об истории формирования Крымского полуострова, прогулявшись по дну доисторического океана: о животных, которые насеяли его миллионы и тысячи лет назад; увидят образцы минералов и горных пород, слагающих полуостров; полезные ископаемые, которыми богаты его недра; совершат путешествие по всем природным зонам полуострова.
Экспонаты, выставленные в шести залах экспозиции «История Крыма», расскажут гостям обо всем, что происходило на полуострове в самые разные эпохи и периоды, начиная со стоянок первобытного человека, и заканчивая событиями Великой Отечественной войны. В залах «Прошлое Тавриды» выставлена наиболее показательная часть археологической коллекции – можно погрузиться в «каменный век» и перенестись в эпохи раннего и позднего средневековья. Экспозиция «Таврическая губерния» – это уникальные экспонаты, свидетельствующие о событиях кон. XVIII – нач. XX в.
Интересующиеся историей Гражданской войны смогут увидеть обмундирование и огнестрельное оружие Белой и Красной армий. Советский довоенный Крым представлен листовками, плакатами, наградами за достижения. В новой экспозиции, открытой к 75-летию Великой Победы, использованы современные технологические и художественные приемы: анимационная демонстрация военных операций в Крыму; диорамный показ конкретных событий; демонстрация кадров военной хроники; инсталляция из материала поисковиков.