Музейно-патриотический комплекс содержит три раздела: «Музей памяти жертв нацизма», экспозиционное пространство «Гуманное оружие Победы» и «Музей блокадной медицины». Каждый из них рассказывает об особенностях медицинской помощи в условиях военного времени и показывает героизм врачей, возвративших в строй миллионы солдат.
В «Музее памяти жертв нацизма» вы увидите подлинные предметы из немецких концентрационных лагерей Майданек, Освенцим, Бухенвальд. Среди уникальных экспонатов: платье заключенной концлагеря Равенсбрюк, нашивки с номерами заключенных, детские вещи, рисунки узников, фотографии, сделанные во время Нюренбергского процесса, и многое другое.
В пространстве «Гуманное оружие Победы» представлены художественные произведения, изготовленные специально для Военно-медицинского музея и запечатлевшие труд медиков во время Великой Отечественной войны на поле боя и госпиталях, модели средств эвакуации, медикаменты, редчайшие документы и наборы инструментов.
В основе «Музея блокадной медицины» лежат уникальные материалы из «блокадной коллекции» музея. Центральным экспонатом является оригинальная «полуторка», автомашина ГАЗ-АА, перевозившая ленинградцев в сопровождении медиков по Дороге жизни. Еще одним важным предметом, притягивающим внимание, стал дневник медсестры Фаины Александровны Прусовой. Она всю блокаду проработала в больнице имени Софьи Перовской, спасая горожан от ранений, инфекционных болезней и авитаминозов.