Знакомство с историей города начинается с зала археологии, где перед гостями музея предстают интересные артефакты, раскрывающие традиции, национальные особенности народов, населявших в разное время новороссийскую землю. Один из ярких экспонатов, захоронение хромого вождя 6 в. н.э, привлекает внимание, как юных посетителей, так и постарше.
Основание города и его экономическое развитие в середине 19 – начале 20 веков представлен в фотографиях, предметах быта и этнографии того времени.
Среди экспонатов отражающих драматические события Гражданской войны привлекают внимание предметы, поднятые с мест затопления кораблей Черноморского флота в бухте Новороссийска 18 июня 1918 года.
Период борьбы за Новороссийск в годы Великой Отечественной войны ярко представлен в диорамном триптихе «Освобождение Новороссийска от немецко-фашистских захватчиков 1943 г».
В экспозиции отражены годы восстановления Новороссийска после тяжелых военных лет. Здесь можно увидеть фотографии субботников по восстановлению города и виды восстановленного Новороссийска.
В зале, посвященном современному Новороссийску, можно познакомиться с подарками, которые Новороссийск получал от иностранных делегаций, побывавших в городе с деловыми и дружескими визитами.