Постоянная экспозиция музея занимает 7 залов, посвященных различным периодам истории Курского края от каменного века до XVIII века: «История изучения курских древностей», «Курский край в каменном веке», «Курский край в эпоху бронзы», «Курский край в скифское время», «Население Курской Лесостепи во II–VII вв. н.э.», «Одежда и украшения населения Курского края в VI–VII вв.», «Курский край в конце VIII – первой половине XI вв.», «Курский край в XI–XIV вв.», «Курский край в XVI–XVIII вв.» и включает более 2400 подлинных предметов.
В экспозиции широко используются новейшие мультимедийные комплексы: тактильно-сенсорные экраны, портативное аудио оборудование (тифломаркер), облегчающие просмотр экспозиции и помогающие самостоятельно разобраться в представленном материале.