Музей открыт 12 мая 1995 г. и до апреля 2018 г. являлся структурным подразделением СПИИРАН, после чего передан Музею-институту семьи Рерихов.
Во времена императорской России в гимназии, известной своими передовыми педагогическими взглядами, в разное время учились Николай Рерих и его младшие братья, Борис и Владимир, а также сыновья Николая Рериха – Юрий и Святослав .
Сегодня в 8 комнатах первого этажа здания развернута экспозиция, посвященная более чем 160-летней истории этого выдающегося учебного заведения. Раскрывают эту историю учебные пособия, учебники, документы, фотографии, авторские книги, личные вещи педагогов и учащихся гимназии.