Это первая полноценная экспозиция по археологии Белозерского края в Вологодской области. Впервые на Вологодчине показаны материалы монастырской археологии. Всего представлено более 4 000 археологических предметов различных хронологических периодов: от мезолита (IX тысячелетие до нашей эры) до позднего средневековья.
Наиболее полно показан период Средних веков. В числе экспонатов есть уникальные произведения древнего искусства, единственные не только в собрании музея, но и в археологических коллекциях других музеев России.