В Архимандричьих кельях музея-заповедника находится одна из основных экспозиций, включающая в себя следующие выставки:
Посетители увидят памятники из монастырских и приходских храмов, лицевое и орнаментальное шитье, предметы декоративно-прикладного искусства XV–XVII веков, в том числе иконы из уникального иконостаса Успенского собора 1497 года – самого большого и лучшего по сохранности иконостаса XV века, дошедшего до сегодняшнего дня.
На выставке «Ремесло порождает шедевры» представлены произведения иконописного и декоративно-прикладного искусства XV – начала XX века из собрания Кирилло-Белозерского музея-заповедника, созданные руками местных мастеров. На выставке «Книжное наследие» – около 130 книг из фондов музея и его филиала – Музея фресок Дионисия.