Шатровая церковь построена кирилловскими мастерами над захоронением у южной стены собора Рождества Богородицы монастыря второго основателя Ферапонтова – преподобного Мартиниана. Объем церкви прост и лаконичен, представляет собой небольшой куб с восьмигранным шатром и тонким барабаном. Световое решение интерьера церкви уникально – размещенные только вверху объема окна направляют своими софитами поток солнечных лучей на захоронение Мартиниана, создавая эффект его свечения.
Над могилой Мартиниана на внешней южной стене собора Рождества Богородицы вы увидите фрагмент стенописи артели Дионисия 1502 года. В церкви с 1838 года находится двухъярусный иконостас, изготовленный вологодским мещанином Николаем Милавиным.