Экспозиция «Глубина», развернувшаяся в здании фондохранилища музея, знакомит с коллекциями барометров, измерителей течений, гидрофизических зондов, приборов и оборудования для подводных съемок, изучения глубин и оптических свойств, глубоководной техникой и многим другим. Главными объектами экспозиции являются глубоководный обитаемый аппарат (ГОА) «Мир-1», а также один из самых больших в мире скелетов кашалота.
Посещение экспозиции даст ответ на различные вопросы: каким образом можно измерить глубину океана, какие нужны аппараты для погружения, есть ли жизнь на максимальной глубине и многие другие. Также посетителей ждут захватывающие киносеансы.
Экспозиция аквариумов в Синем зале главного корпуса состоит из 14 морских и пресноводных аквариумов объемом 16 250 л на площади 160,4 кв. м. В техническом коридоре размещено 15 карантинных аквариумов общим объемом 3 400 л на площади 57,8 кв. м. Количество обитателей в аквариумах – около 300 экземпляров.