Центральный экспонат выставочного зала – археологическая находка «Корабль XIX века». В 2000 году рабочие Калининградского янтарного комбината в карьере «Приморский» наткнулись на остов деревянного одномачтового парусного судна. Рядом находился перемещенный струями воды якорь со значительным куском якорной цепи, спекшейся с остатками обшивки фальшборта полубака. Были видны железные детали рангоута, железный вертлюг, несколько фрагментов деревянных деталей, несколько обрезков чугунных труб, которые могли быть либо частью груза судна, либо трюмным балластом для обеспечения его остойчивости. После кропотливой и длительной реставрации фрагменты судна собраны и представлены в музейном зале, они иллюстрируют историю регионального судостроения и судоходства.
Другие предметы экспозиции – карты, исторические фотографии, документы, предметы корабельной оснастки – рассказывают об истории морского Кенигсберга-Калининграда, строительстве первых портов, модернизации портовых комплексов и судоверфей, судоходстве и рыболовстве на реках, каналах, заливах и, конечно, в Балтийском море. Отдельный стенд посвящен истории знаменитых прогулок философа Иммануила Канта, маршрут которых проходил по территории городского порта.