Постоянная экспозиция включает три раздела:
«Новый Иерусалим. Памятник истории и культуры XVII–XXI веков» – ядро музейной экспозиции, раздел, рассказывающий об истории возникновения Русской Палестины, Ново-Иерусалимском монастыре и его основателе Патриархе Никоне.

В основе концепции экспозиции «Русское искусство. Церковное и светское искусство XVI – начала XX века» – комплексный показ произведений русских мастеров XVI–XX вв. Основной ее раздел – «Художественная галерея» – демонстрирует знаковые предметы живописи, иконописи, скульптуры, мебели и декоративно-прикладного искусства из коллекции музея.

Отдельный подраздел экспозиции – «Особая кладовая». Он объединяет памятники русского лицевого и орнаментального шитья XVI–XVII вв. и произведения декоративно-прикладного искусства из драгоценных металлов – предметы церковного обихода работы мастеров Серебряной и Золотой палат Московского Кремля XVII в., произведения русских мастеров эмали и мастеров золотого и серебряного дела XVIII–XX столетий.