Постоянная экспозиция музея состоит из отделов, посвященных буддийской, иудейской, русской православной, армяно-григорианской и исламской культурам. Посетитель сможет ознакомиться с религиозными атрибутами и священными писаниями, такими как «Шулхан арух» (XX в.), рукописный Коран (XVIII в.), книги по исламской грамматике (XIX в.), Евангелие (XVIII в.) и псалтыри (XVIII – конец XIX в.), алмазная сутра и др.

Среди одеяний священнослужителей, которые представлены в экспозиции музея, – облачения муфтия Хафиза-Хаджи Омарова и богослужебное облачение архиепископа Бакинского и Азербайджанского Александра, а также обязательные элементы традиционных нарядов представителей тех или иных конфессий.

Дополняют постоянную экспозицию живописные полотна дагестанских художников и декоративно-прикладное искусство Дагестана (медно-чеканные и бронзолитейные изделия, резной камень, ковры, художественное серебро и ювелирные украшения династии златокузнецов Магомедовых-Изабакаровых).