Музей был открыт в 2002 г. в бывшем доме купца Моисеева, являющемся памятником городской архитектуры конца XIX – начала XX в. В залах музея располагается экспозиция, позволяющая получить представление о жизни и творчестве Бориса Михайловича Кустодиева – астраханца, художника с мировым именем. В музее представлены 190 его работ, среди которых более 100 графических листов, живописные полотна, скульптуры, а также мемориальные вещи и документы художника и его семьи.
Основная экспозиция музея включает шесть залов: аванзал, зал П. А. Власова (живопись, графика, документы, фотографии), два зала графики и зал живописи Б. М. Кустодиева, мемориальный зал.
Уникальны фотографии из личного архива семьи, подаренные музею внучкой художника – известным российским искусствоведом Татьяной Кирилловной Кустодиевой.